Seurat

Seurat: Un potente toolkit per l'analisi di dati di sequenziamento RNA a singola cellula

Seurat è un pacchetto R progettato per il controllo qualità, l'analisi e l'esplorazione di dati di sequenziamento RNA a singola cellula. Seurat mira a consentire agli utenti di identificare e interpretare le fonti di eterogeneità dalle misurazioni trascrittomiche a singola cellula e di integrare diversi tipi di dati a singola cellula.

Caratteristiche principali di Seurat:

• Analisi flessibile, interattiva e altamente scalabile: le dimensioni e la scala dei set di dati di sequenziamento a singola cellula stanno aumentando rapidamente, superando persino la legge di Moore. In Seurat v5, introduciamo nuove infrastrutture e metodi per analizzare, interpretare ed esplorare set di dati entusiasmanti che comprendono milioni di cellule, anche se non possono essere completamente caricati in memoria. Introduciamo il supporto per l'analisi basata su 'sketch', in cui sottocampioni rappresentativi di un set di dati di grandi dimensioni vengono memorizzati in memoria per consentire un'analisi rapida e iterativa, mentre l'intero set di dati rimane accessibile tramite archiviazione su disco.
• Supporto per dati spaziali: sia le tecnologie basate sul sequenziamento (ad esempio Visium, SLIDE-seq, ecc.) che quelle basate sull'imaging (MERFISH/Vizgen, Xenium, CosMX, ecc.) hanno vantaggi unici e richiedono metodi analitici e infrastrutture software su misura. In Seurat v5, introduciamo un supporto flessibile e diversificato per un'ampia varietà di tipi di dati spazialmente risolti e supporto per tecniche analitiche per l'integrazione scRNA-seq, la deconvoluzione e l'identificazione di nicchie.
• Integrazione di dati multimodali: in Seurat v5, introduciamo flussi di lavoro flessibili e semplificati per l'integrazione di più set di dati scRNA-seq. Ciò facilita l'esplorazione dei risultati di diversi metodi di integrazione e il confronto di questi risultati con un flusso di lavoro che esclude i passaggi di integrazione.
• 'Bridge integration': in Seurat v5, introduciamo 'bridge integration', un metodo statistico per integrare esperimenti che misurano diverse modalità (ad esempio set di dati scRNA-seq e scATAC-seq separati), utilizzando un set di dati multiomico separato come 'ponte' molecolare. Ad esempio, dimostriamo come mappare i set di dati scATAC-seq sui set di dati scRNA-seq, per aiutare gli utenti a interpretare e annotare i dati da nuove modalità.

Seurat è un potente strumento per l'analisi di dati di sequenziamento RNA a singola cellula. Offre una vasta gamma di funzionalità per il controllo qualità, l'analisi e l'esplorazione di dati di sequenziamento RNA a singola cellula. Seurat è un pacchetto open source e può essere scaricato da GitHub.